The Nature of Science

This figure provides a simplified general overview of some existing biomedical text mining applications from the biology user perspective.

Не люблю, когда в ЖЖ-шечках много ноют о работе, поэтому у меня на темы, связанные с  моей профессиональной деятельностью, некое табу. Хотя там постоянно попадается что-то сенсационное, особенно в последнее время, но, с одной стороны, это часто что-то специальное, с другой, вроде и не положено мне об этом обо всем болтать. Но иногда прочитаешь какой-нибудь очередной "colorectal cancer - know your place!" и нет сил молчать. 

Я решила, что грань дозволенного, как нравственно, так и юридически, пролегает где-то по границе биологического и эстетического, и я могу время от времени позволить себе делиться эстетическим восторгом от своей работы. 

Вот, например, восхитительные кружавчики сверху из Krallinger M, Valencia A, Hirschman L. Genome Biol. 2008;9 Suppl 2:S8. Epub 2008 Sep 1 - они вызывают у меня безграничное умиление. 

А фраза:

All animals survived to scheduled sacrifice

просто завораживает. Это из отчета о токсических свойствах тестируемого на животных лекарства. Непоэтическим языком - мышей кормили каким-то веществом, наблюдали в течение определенного времени, а потом забивали. Я видела это выражение в разных видах, но только в такой формулировке оно обрело совершенство и законченность.

Ввела предупредительный сигнал Science et Vie - биологи "шутят".

Мрмяф

Нашла старый черновик:

За одну неделю мне дважды пришла на ум эта картинка, а, стало быть, это знак.

С одной стороны, она полностью раскрывает мое видение трилогии "Утомленные солнцем".

С другой стороны, у меня был период увлечения паразитами, и токсоплазма показалась мне одной из самых интригующих. В книжке было написано, что токсоплазма притупляет чувство опасности. В природе это нужно для того, чтобы зараженная крыса приблизилась к кошке, чего она в норме делать, естественно, не будет. Так вот интересно, что у самок человека притупленное чувство опасности выражается ни в чем ином, как в сердобольности! Сочувствие негодяям, письма в колонию и все такое прочее (еще и кошатничество наверняка), - все это часть запутанной клинической картины!
Если просуммировать все статистические данные, то получится довольно обаятельная персона: сердобольная морализаторша, склонная к беспорядочным половым связям. Таких, опять же по статистике, 88% француженок.
На картинке эволюция творчества Луиса Уэйна, художника-кошатника, который постепенно терял разум, вместе с чем преображались и его работы. Предполагают, что у него как раз был токсоплазмоз, что совершенно неудивительно при такой одержимости кошками.

Атака с тыла

В продолжение темы small-talk с сожалением отмечаю, что в свете нового проекта и small-talk, и пятиминутки познавательного в моем исполнении, скоро сделают меня изгоем окончательно! Поэтому нарушу табу и напишу сюда про работу! 

Моя подруга Катя М. разработала гениальную классификацию мужского юмора, в которой весь мужской юмор подразделяется на два типа: 

1. брутальный юмор и 
2. юмор в коротеньких штанишках. 

О можете себе представить, какие потоки брутального юмора и юмора в коротеньких штанишках обрушатся на того, кто хоть только краем глаза покосится в сторону колоректального рака!

Я не могу даже упрекнуть неученых, потому что и сами ученые беззастенчиво упражняются в остроумии в коротеньких штанишках, типа вот этого заголовка из Nature Reviews Cancer: "Colorectal Cancer: Know your place", или в брутальном остроумии, типа раздела "More Cancer" на сайте того же журнала (если вам не хватило содержания главной страницы, вот вам, пожалуйста, еще рака).

Когда речь заходит о таких болезнях, вскрывается интересный факт: у каждого биолога, даже компьютерного, есть в голове иерархия органов, тканей и болезней - от тех, которыми он хотел бы заниматься, до тех, которых он пытается бежать. Я легко могу рассортировать их, не задумываясь, что значит, что где-то в глубине меня такая классификация уже готова. И colorectal cancer knows its place... При этом понятно, что на нашем уровне абстракции, абсолютно все равно, чем заниматься.

Ну и чтобы закончить тему работы и вернуться к мракобесию, вот еще что обнаружила. Новый тренд! 

Не знаю, через сколько лет чтения научных статей, но в какой-то момент, мне кажется, мы все перестаем читать последний абзац. Последний абзац по традиции отводится прожектам, в нем обещают с помощью полученных результатов, какими бы жалкими они ни были, вылечить рак, СПИД, накормить голодных, обогреть холодных итп. Верят последнему абзацу только первокурсники. 

И тут я натыкаюсь на такое в конце обзора про skeletal muscle remodeling: 

"But for now, it is no pain, no gain. Keep on running! Remember, it is better to burn out than fade away".

Wow! "Чтоб мог я стать огнем или сгореть в огне" практически! 

Ну и точно последнее, наткнулась случайно в PubMed-e на статью "Tenderness - an enzymatic view" в журнале Meat Science, как раз ко дню святого Валентина!

Вообще, наверное, надо с радостью воспринимать попытки ученых оживить свои публикации, но почему-то меня этот юмор тяготит. Так что и вас не буду нагружать - назад к мракобесию!

In fact, it's not a fact

Благодаря работе своей мечты познакомилась с понятием "factoid". Разве не гениально?!

First, you should know that the DNA test is a factoid test. It's for speculation or entertainment at cocktail parties. A factoid could resemble a fact, but is not necessarily a fact because it has not been proven (link).

Мне кажется, прибавляя суффикс "оид" ко всему, что меня окружает, я смогу добиться как никогда доселе точного описания своей жизни!

Starry night, hairy night

Но это тоже все потом растает

 И утечет, как талая вода...
 Уж мы-то знаем все, 
       про то, что с нами станет,-
 А биофак - вот это навсегда!

М.В. Гусев, 

декан биологического факультета МГУ 

1997 г.

Поистине в душе каждого настоящего ученого томится настоящий поэт.

Сижу сегодня работаю, бегло проглядываю некий список генов, относящихся к эмбриональному развитию. Взгляд цепляется за название Van Gogh-like protein 1. Не поверила своим глазам, читаю снова, нет, опять то же самое: Van Gogh-like protein 1. Думаю, ну раз речь про развитие - это, наверное, какой-нибудь ген безухости. И тут же накатила вторая волна возмущения. Ну полезла выяснять, что за вангогоподобный белок. 

Выяснилось, что в 1994 году ученый Пол Адлер из Университета Вирджинии получил муху-мутанта, поразившую его своей красотой. Волоски на ее теле располагались не ровно, как положено, а с завихрениями, которые напомнили Полу Адлеру полотно Ван Гога "Звездная ночь". Невероятно трогательно, правда? Он как-то так и воскликнул: "Боже, как хороши эти волоски на моей чудесной мутантной мухе, прямо как "Звездная ночь" Ван Гога!"

Сначала, значит, красивая задница, а теперь вангогоподобный белок-1. Мне стало любопытно, и я немного порылась в поисках самых странных названий генов. Нашла и гены, и доказательства того, что химфак - это тоже навсегда.

Трудно назвать фаворитов, но вот некоторые, например: 

Есть бытовуха: 

Yippie (радостный вопль), Wishful thinking и RING (Really Interesting New Gene). 

Есть поромантичнее: 

Cleopatra (взаимодействие мутантной Клеопатры с Asp (Asp - это аббревиатура, но одно из значений самого слова - ядовитая змея) летально - так и Клеопатра погибла от укуса змеи), Hamlet (ключевой в определении судьбы линии клеток IIB), tinman (как в "Волшебнике Изумрудного города" - у мутантов не развивается сердце), swiss cheese (у мутантов мозг получается дырявый, голодным ученым напоминает сыр).

Indy - (I'm not dead yet) - играет роль в увеличении продолжительности жизни у плодовых мушек. 

А ну и кстати всем биологам-то уже приевшийся hedgehog в интересных сочетаниях типа sonic hedgehog, indian hedgehog итп. Общественность, разумеется, уже собралась влезть грязным сапогом в светлый храм науки. Обывателям, видишь ли, неприятно узнавать, что у них мутация "lunatic fridge" или "headcase", так что в 2006 г. прошла первая серия переименований генов, названных с душой, во что-то нудное.

Еще смешное про животных нашла, так что 

(продолжение следует)

Fat-bottomed sheep you make the rocking world go round

"Тоже мне ученый, - наверняка уже подумали все. - Одно мракобесие на уме! В науке разве не происходит ничего значительного?!"

Каюсь и в знак верности идеалам просвещения поделюсь познавательным из мира науки. 

На фото бельгийская голубая корова (belgian blue) - "урод и естественный мутант". Одна мутация, а какой эффект! У животных этой породы нарушено образование полноценного миостатина - фактора, блокирующего рост мышц. В результате вес мышечной ткани у таких коров чуть ли не в два раза выше нормы. 

Второй интересный ген романтически настроенные ученые назвали в честь Афродиты Каллипиги (callipyge от греч. "красивая задница"). Первую овечку с мутацией в красивой заднице (напомню, что названия генов на письме обозначаются курсивом) звали Solid Gold. Она родилась в 1983 г., и как сообщают источники, лишь красивая задница спасла ее от бойни. Solid Gold оставили на развод и вскоре выяснилось, что красивая задница наследуется довольно причудливым образом, что не могло не привлечь внимание пытливых ученых из Франции. Оказалось, что задница будет красива, только если красивая задница достанется овечке от отца. Это происходит из-за так называемого геномного импринтинга. 

Животноводы не проявляют особого интереса к красивым овечьим задницам из-за их повышенной упругости, отрицательно сказывающейся на вкусовых свойствах. Но вот французские, а вслед за ними и все остальные ученые, пристально изучают красивые задницы этих необычных животных. 

"Callipyge is really quite fascinating. In a way, it's a shame this happened in sheep" says Anne Ferguson-Smith, of the University of Cambridge, an expert on imprinting in mice.

"They are Arnold Schwarzenegger-shaped" says Randy Jirtle of Duke University in Durham, North Carolina, "and their meat's tougher than hell".


PS Вы не думайте, что я с утра до ночи ищу в Google "коровы с красивыми задницами" и "овцы с красивыми задницами", это по работе!

Последние тренды

Слово тренд очень удачно вписалось в мир моды и гламура, оттого странно видеть его в названиях научных журналов в таких сочетаниях как:

Trends in Parasitology

Trends in Organized Crime

Trends in Classics

Trends in the Well-Being of America's Children and Youth

Да, после того, как найдешь такое, Trends in Сardiovascular Medicine больше не веселят...

Où l'on se sent plus léger qu'un oiseau

Тепло, слышу в открытое окно:

- Ты чо? б....ь Весна? б....ь

(с угрозой и вызовом)

Вспомнила, как ныне покойный декан нашего факультета собрал весь курс без объяснения причины и стал читать нам стихи про зиму, про снег, про мороз. "Вот как такой-то поэт говорил про зиму", "вот как сякой-то поэт говорил про зиму", "снег идет, снег идет, в ногу с ним, стопами теми" и все такое. Все сидят в полном недоумении, к чему это? 

Позднее сложенная легенда гласила, что декан биофака и декан химфака в погожий зимний денек в благостном расположении духа прогуливались мимо биофака, о чем-то беседуя, а студенты, тем временем тоже выбравшиеся наружу поиграть в снежки, каждый снежок провожали смачной руганью. И так это зацепило нашего декана, что он решил показать нам, какими словами можно и нужно говорить о зиме.

Но все же: Ты чо? б....ь. Весна? б....ть - это же тоже своего рода поэзия? Я так полагаю.

Il est des jours - avez-vous remarqué ?

Où l'on se sent plus léger qu'un oiseau,

Plus jeune qu'un enfant, et, vrai ! plus gai

Que la même gaieté d'un damoiseau.

Наши маленькие друзья-2

Дорогие вирусы, друзья вирусов и друзья друзей вирусов! Вышла третья часть: вирусывирусывирусы.

Ну и как обычно: 

Не ругайте меня, я очень чувствительная натура и возненавижу вас навеки за любую критику!

Шутка.

Но не совсем!

Ой да, ну конечно, никто читать не полезет, так что я самое интересное расскажу тут. Бактериофагов открыли два раза независимо два совершенно разных по духу и темпераменту ученых. Вот, например, д'Эрелль. Я про него и читать-то не собиралась, и статья была не про него, просто удивилась, прочитав словосочетание "французский ученый канадского происхождения". Ну и так достаточно вяло полезла смотреть, что это его понесло во Францию. И выясняю, что:
в Канаде д'Эрелль получал шнапс из кленового сиропа, потом стал работать врачом в геологической экспедиции (не будучи врачом), затем он завел шоколадную фабрику, которая вскоре разорилась, и ему пришлось переехать в Гватемалу, где приступить к созданию виски из бананов, оттуда в Мексику и Аргентину, где нужно было истреблять саранчу с помощью бактерий, оттуда уже, наконец, д'Эрелль отправился во Францию бороться с местной саранчой, где-то тут открыл бактериофагов в курином помете, через полгода уже вылечил ими первого пациента, потом он продолжил изыскания в Египте и Индии, где было много кого лечить, потом был приглашен в Советский Союз работать в грузинском НИИ, там написал книгу, посвятив ее товарищу Сталину, а потом директора института и друга д'Эрелля репрессировали, и д'Эрелль уехал из Союза и тд...
Я надеюсь, кто-нибудь все-таки написал о нем книгу, и я когда-нибудь прочитаю ее!

Имя бога

Уже лет десять прошло с тех пор, как я впервые столкнулась с особенностями перевода научной литературы на русский язык. Может, я ошибаюсь, но мало что с тех пор изменилось. Если знаешь, в чем суть, то чтение переводных текстов - прекрасное развлечение. Какие только витиеватые конструкции и сложносочиненные предложения не рождаются в попытке извернуться и избежать перевода отдельных, всем нам хорошо известных слов. Иногда прямо восхищаешься: "Вот ловкий чертяка"! 

И все мы как будто бы думаем, что как-нибудь пронесет, но терминов не становится меньше. Даже наоборот, прорыв на прорыве, и каждый прорыв будто в насмешку изрыгает нам в лицо очередной high-troughput single-molecule sequencing, не меньше. И все начинают вертеться и охать.

Столько лет прошло, а мы все никак не можем пережить, что sequence пишется через е, а читается, как и. Поэтому можно на крайний случай рискнуть написать "секвенирование", но нельзя "сиквенс" (хотя в реальной жизни все только так и говорят и, разумеется, через "и"). "Определение первичной последовательности по Сэнгеру" еще туда-сюда, поплюешься, что длинно, но напишешь, но пока мы плевались, родился high-throughput single-molecule sequencing - гроза русских лесов.

Я подумала, было бы интересно составить какое-нибудь предложение-монстр, которое вобрало бы в себя все, что мы любим в русском научном языке. Есть идеи?

Итак пресловутый genome-wide high-throughtput single-molecule sequencing

improves symptoms in mouse model of ... disease (наверняка есть какая-нибудь достойная мышиной модели болезнь, наверняка даже со словом abnormal)

pathway в таком контексте, чтоб переводчик рыдал, но не мог подставить "путь"

... by defined factors

aged и old в одном предложении, чтобы подчеркнуть контраст

complementation, developmental и deficient в удачном контексте.

lineage-commited cells

ну и от себя, конечно, не могу не добавить far-red fluorescent proteins - флуоресцентные белки с эмиссией в дальне-красной области спектра.

Давате, кто еще что, друзья-биологи?

Genome-wide high-throughput single-molecular DNA sequencing of old, aged and lineage-commited progenitor cells in mouse model of ... disease reveals abnormal developmental pattern in Ab1-deficient state with Cd2 complementation. A possible role of defined factors in symptom's improving provides evidence of sumoyalation pathway compromising shown using far-red fluorescent proteins 

Наверняка я забыла что-то очень важное!

Наши маленькие друзья

Дорогие друзья вирусов и друзья друзей вирусов,

я многим обещала послать свою статью из "Химии и Жизни", но в глубине души стыдилась и боялась разоблачения, поэтому юлила и подличала, но теперь она всё равно есть в Интернете, так что вот: вирусывирусывирусы.

Не ругайте меня, я очень чувствительная натура и возненавижу вас навеки за любую критику!

Шутка.

Но не совсем!

Эти забавные животные-2

Хотела поместить в свою doggy bag парочку новых душераздирающих фактов из уже упомянутой книги. Многим хочется поделиться, но о некоторых пикантных деталях язык-то поворачивается говорить, но вот рука писать не поднимается.
К слову сказать заканчивается книга, повествующая о -
- том, что длина мужского достоинства (вот уж действительно, не побоюсь этого слова) Argentine lake duck - 40 см (интересный комментарий в книжке, что, мол, сексуальный отбор действует быстрее, чем естественный, но посмотрите на утку - кто тут посмеётся последний?) (кстати какие-то там плоские черви в прямом смысле слова меряются ...)
- том, что сверчки определенного вида взвешивают самок и спариваются только с самой жирной
- про то, почему самка богомола откусывает самцу голову, оказывается у самцов богомолов, голова тормозит половое поведение, а когда нейроны обрываются, то что остаётся от богомола успешно может продолжить род
- ужасные истории про клещей, занимающихся инцестом и педофилией... Я не могу, не заставляйте меня перечитывать это снова. Pyemotes herfsi - изучите сами, наверняка известного рода ресурсы смакуют эту драму во всех подробностях. Может быть, какая-нибудь киностудия из Ван Найса уже приобрела права на экранизацию, перенеся сюжет в наше время.
Так вот книга эта заканчивается главой, в которой автор обещает рассмотреть самый странный способ плодиться и размножаться, превосходящий в своей вычурности все вышеперечисленные (insertions penis into pseudopenis, appophalations, traumatic inseminations, incest, penis fencing, detachable swimming penises etc.) Этот способ, как нетрудно догадаться, если задуматься, - моногамия.
Удалые альбатросы живут парами столетья, как стрела пронзают тучи, пену волн крылом срывая.

Эти забавные животные

В купленной за 4 доллара наикрутейшей книжке, я даже думаю пойти купить еще пару-тройку таких же, многим было бы полезно ознакомиться с её содержимым, обнаружила стоящую информацию к размышлению. Книжка, к слову сказать, называется How animals have sex и содержит кучу примеров неисповедимости путей господних.
Самая же первая главка посвящена пандам. Они ленивы и малоподвижны, при этом самка панды может зачать только 1-2 дня в году! То есть природа, можно сказать, уже приготовила их к списанию в утиль. Но! У них такие милые, трогательные морды! Поэтому люди готовы тратить кучу денег и усилий (может, вы слышали, что в каком-то зоопарке паре панд показывали панда-порно), лишь бы они спарились. При этом очевидно, что будь панды какими-нибудь неопрятными каракатицами, у них были бы серьёзные проблемы!
Ещё меня до глубины души тронула история какой-то мухи. Самец этой самой мухи вручает самке свитый из шёлковой нити свёрток, самка, воодушевившись, начинает разворачивать подарок и пока она это делает, самец пристраивается к ней сзади. Она расплетает весь клубок и выясняет, что внутри пусто, но к тому моменту самец уже покончил со всеми делами и спешит дальше, оставляя самку растить мушат среди оберточной бумаги.
Это та-ак жизненно!
И там таких историй штук под 100. Потом, может, ещё чего напишу, если захотите. Оторваться невозможно!